В 1921 г. по инициативе проф. С.А. Зернова (впоследствии академик, директор ЗИН) в Москве было организовано Общество исследователей воды и ее жизни, в которое тогда входило 129 членов. Печатным органом общества стал «Русский гидробиологический журнал», который издавался с 1921 по 1930 г. под редакцией А.Л. Бенинга (1890-1943) в Саратове. В 1931 г. общество было преобразовано в секцию гидробиологии и ихтиологии Московского общества испытателей природы.
Инициатором создания Всесоюзного гидробиологического общества стал проф. Дмитрий Александрович Ласточкин – занимался изучением систематики и фауны малощетинковых червей, а также озер на биологической основе; вел в МГУ курс «Фауна пресных вод».

В начале 1946 г. на организационном собрании инициативная группа (Д.А. Ласточкин, Л.А. Зенкевич, М.М. Кожов, Я.В. Ролл, В.И. Жадин, В.Н. Беклемишев, П.И.Усачев) обратились с предложением в АН СССР об организации Гидробиологического общества, и в мае 1946 г. Президиум АН СССР возбудил ходатайство перед вышестоящими организациями о создании общества и одновременно утвердил его Организационное бюро, в которое вошли академики Б.Л. Исаченко, Е.Н. Павловский, В.Н. Сукачев и проф. Л.А. Зенкевич. В начале следующего года вопрос о создании ВГБО был решен положительно, и 2 апреля 1947 г. следует считать датой его основания. Первым председателем Общества стал Б.Л. Исаченко (академик, микробиолог, исследователь Арктики). С 1948 года председателем общества стал П.П. Ширшов (академик, океанограф, планктонолог, полярный исследователь), затем — Л.А. Зенкевич (по 1970 г.) и Г.Г. Винберг (по 1987 г.).

Гидробиологическое общество при Российской академии наук (ГБО РАН) как юридическое лицо было образовано в 1993 г. на базе отделений и филиалов Всесоюзного гидробиологического общества, находящихся на территории Российской Федерации. Однако фактически ГБО РАН, будучи открытым для гидробиологов из стран СНГ и ближнего зарубежья, поддерживает и развивает традиции, созданные основателями Всесоюзного гидробиологического общества, и по праву считается его преемником.

С точки зрения организации ГБО можно назвать консервативным обществом, т.к. его структура (Отделения — Центральный Совет — Президиум — Президент), сложившись в целом еще в 1960-е годы, менялась с годами лишь незначительно. Основные цели деятельности ГБО также весьма постоянны. Они неизменно включают содействие развитию науки, преодоление разобщенности гидробиологов и ихтиологов из разных ведомств и регионов России и СНГ, содействие охране водных организмов и мест их обитания, совершенствование преподавания гидробиологии, ихтиологии и смежных отраслей науки в высшей и средней школе.

С 1987 г. Гидробиологическое общество РАН возглавляет академик Александр Федорович Алимов.